Το Κακοδίκι απέχει από τα Χανιά 64.5 χλμ Πρώτη φορά αναφέρεται το 1577 ως Cacodichi με 495 κατοίκους .
Πιστεύεται ότι το το τοπωνύμιο ήρθε όταν πειρατές κατάλαβαν την Παλαιοχωρα το 1539 και την κατάστρεψε ο Barbarossa , ύστερα από προδοσία ντόπιου , ο αρχιπειρατής ήρθε στην περιοχή του χωριού και στρατοπεδευσε κοντά στην πηγή της Αγ, Τριάδας . Εκεί δίκασαν τον προδότη εις θάνατον , γιατί αυτοί που προδίδουν τους ομοεθνείς τους είναι ανάξιοι και επικίνδυνοι φίλοι. Οι σύντροφοι του Μπαρμπαρόσα μετά την χαρακτήρισαν σαν κακή δίκη .
Ο Κωνσταντίνος Άμαντος λέει , ότι το τοπωνύμιο οφείλετε σε βυζαντινό κύριο όνομα Καθοδικής ή κακοδικιος που είναι και το πιθανότερο αφού υπάρχει και το σημερινό νομικό νήμα κακοδικία .

Στο Κακοδικι υπάρχουν πολλές τοιχογραφημένες εκκλησίες . Ο Μιχαήλ Αρχάγγελος με ενδιαφέρουσες τοιχογραφίες που χρονολογούνται από το 1387 . Η παναγία με τοιχογραφίες του 1331 . Επίσης την εκκλησία του Αγ. Ισιδώρου που χρονολογείτε από το 1420 .

Κατά την επανάσταση του 1821 οι τούρκοι έσφαξαν 70 γυναικοπαιδα και κατέστρεψαν το χωριό .